| No. | タイトル | 時間 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 01. | セイリング未来へ | オープニングテーマ／歌：水木一郎 | |
| 02. | 海洋帝国軍のテーマ | ||
| 03. | 海洋帝国軍の暗躍 | ||
| 04. | 恐怖の陰謀 | ||
| 05. | SS-99 メインテーマ | ||
| 06. | SS-99 出撃のマーチ | ||
| 07. | 海洋帝国軍出現! 攻撃準備 | ||
| 08. | 狂気 | ||
| 09. | ランナウェイ | ||
| 10. | 心理戦 | ||
| 11. | 苦戦 | ||
| 12. | 明かされる事実 | ||
| 13. | 破壊SOS | ||
| 14. | SS-99 暗き出現 | ||
| 15. | スパイ | ||
| 16. | SS-99 秘められた力 | ||
| 17. | ワタシタチノミライ | 挿入歌／歌：堀江美津子 | |
| 18. | 急げ! | ||
| 19. | 魚雷発射準備! | ||
| 20. | 戦闘機発進! | ||
| 21. | 大攻勢 | ||
| 22. | インターセプト | ||
| 23. | 悪の出現 | ||
| 24. | 非情な攻撃 | ||
| 25. | 駆け引き | ||
| 26. | 立ち向かえ | ||
| 27. | 悲しみは天に還して | エンディングテーマ／歌：堀江美津子 |