| No. | タイトル | 時間 | 備考 |
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| 01. | メインタイトル 銀河鉄道999 〜運命 | 3:15 | |
| 02. | 危機一髪 | 1:15 | |
| 03. | メーテルと夢の再会 | 1:24 | |
| 04. | エメラルダスから涙の贈り物 | 2:10 | |
| 05. | Friends | 2:32 | |
| 06. | Galaxy Express 999 MOTHER | 1:38 | 歌／吉岡小鼓音，作詞／冬杜花代子，作詞・作曲／田中公平 |
| 07. | グレート・オペレーション・オブ・メタノイド | 1:17 | |
| 08. | Brave Love 〜つかの間の休息 | 2:21 | |
| 09. | 少女 イーゼル | 1:29 | |
| 10. | 地獄の聖母騎士 ヘルマザリア | 1:27 | |
| 11. | 忘れないで 〜good-bye last passenger | 1:22 | |
| 12. | BATTLE OF SPACE ORBIT | 4:29 | |
| 13. | 恐怖のメタノイド | 3:10 | |
| 14. | レクイエム 〜ヘルマザリア | 2:25 | |
| 15. | Galaxy Express 999 Eternal Fantasy | 2:33 | |
| 16. | 主題歌 Brave Love 〜Galaxy Express 999 | 5:14 | 歌／THE ALFEE，作詞・作曲／高見沢俊彦，編曲／THE ALFEE，ストリングスアレンジ／森俊之 |
| 17. | Galaxy Express 999 Eternal Fantasy (ボーナストラック) | 2:43 | |
| No. | タイトル | 時間 | 備考 |
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